Η εμβρυομεταφορά είναι μια απλή όμως αρκετά σημαντική διαδικασία που ακολουθεί την εξωσωματική γονιμοποίηση. Μπορεί να γίνει από την ημέρα 1 (στάδιο γονιμοποιημένων ωαρίων) μέχρι την ημέρα 6. Συνήθως η διαδικασία αυτή γίνεται την 2η με 3η μέρα.
Η εμβρυομεταφορά δεν είναι επώδυνη και άρα δεν χρειάζεται αναισθησία. Διαρκεί λίγα λεπτά και η συνεργασία της γυναίκας είναι αναγκαία. Η μέθοδος ομοιάζει με το τέστ Παπανικολάου. Τα έμβρυα τοποθετούνται σε ένα ειδικό εύκαμπτο, μη τοξικό και ατραυματικό καθετήρα και μεταφέρονται στη μήτρα με τη καθοδήγηση υπερήχου. Η γυναίκα παραμένει στην κλινική για λίγο και έπειτα μπορεί να πάει σπίτι της. Για την έκβαση του αποτελέσματος της διαδικασίας το ζευγάρι θα πρέπει να περιμένει από 8-12 μέρες (ανάλογα την ημέρα μεταφοράς των εμβρύων) για να κάνει εξέταση αίματος για τη μέτρηση β-χοριακής γοναδοτροπίνης.