Συνήθως η εμβρυομεταφορά λαμβάνει χώρα την τρίτη μέρα μετά από την ωοληψία, στο εμβρυικό στάδιο των 6-8 κυττάρων. Η εμβρυομεταφορά που αποφασίζεται να γίνει στο στάδιο της βλαστοκύστης απαιτεί ιδιαίτερες συνθήκες εργαστηρίου και δεν είναι σε θέση όλα τα εργαστήρια να την πραγματοποιήσουν. Έχει ένδειξη να διενεργείται στις ακόλουθες περιπτώσεις

·           όταν έχουν προηγηθεί ανεξήγητα αποτυχημένες προσπάθειες με εμβρυομεταφορές δεύτερης και τρίτης ημέρας

·           όταν έχουμε περίσσεια εμβρύων την πρώτη ή την τρίτη μέρα με εφάμιλλο μορφολογικό «σκοράρισμα». Σε αυτές τις περιπτώσεις επιλέγεται η καθυστέρηση της εμβρυομεταφοράς και η διενέργεια της στο στάδιο της βλαστοκύστης προκειμένου να είναι οι εμβρυολόγοι σε θέση να επιλέξουν τα ικανότερα έμβρυα προς μεταφορά.

·           όταν επιχειρείται προεμφυτευτική διάγνωση. Στις περιπτώσεις αυτές η βιοψία των εμβρύων  λαμβάνει χώρα την τρίτη ή την πέμπτη ημέρα ανάπτυξης και η εμβρυομεταφορά αναγκαστικά την πέμπτη ή την έκτη μέρα αντίστοιχα (εώς ότου ανακοινωθεί η απάντηση από τους γενετιστές για το γενετικό υλικό των εμβρύων)